Efter at have spillet alle tre gruppespil, hentede Nesta en skade mod Den Tjekkiske Republik og savnede resten af turneringen.
Azzurri fortsatte med at løfte trofæet, men det var Marco Materazzi, der samarbejdede Fabio Cannavaro på vejen til Berlin.
Nesta ville spille endnu et konkurrencedygtigt spil til Italien, da skader begyndte at påvirke ham alvorligt.
Han formåede kun 14 Serie A-optrædener i 2006-07-sæsonen, men Billige fodboldtøj samarbejdede Paolo Maldini midt i forsvaret, da Milan tog sin hævn på Liverpool i det år Champions League-finalen.
Fra nu af begyndte Nesta's krop at lade ham falde oftere, med forsvareren spiller 29 ligakampe i 2007-08, men kun en sæson efter.
Da han kom på banen, var han stadig så klassisk som nogensinde og hjælper Milan til Scudetto i 2011.
Den følgende sæson viste veteranen, at han ikke havde tabt nogen af hans evner, med en fantastisk tackling til at nægte Barcelonas Lionel Messi, hvad der opstod et bestemt mål i Champions League.
Efterladt Milano i sommeren 2012, nedslog Nesta sin karriere med MLS side Montreal Impact og Chennaiyin fra den indiske Super League.
Nesta har siden flyttet ind i coaching i USA og forlader Miami FC i slutningen af sidste sæson.
Elegant, intelligent og god på bolden, er han stadig æret som en af Billige Messi Fodboldtrøje Italiens allerstørste forsvarere.
Nesta vandt tre Scudetti, to mesterlige ligaer og to Coppe Italia på klubbeniveau, trods kun to gange at klare 30 spil i en liga sæson.
Også på internationalt plan gjorde han sit bidrag til verdensmesterskabet i 2006, men han ville sikkert have haft mere end sine 78 caps, hvis det ikke var for de skader, der skældte sin karriere.